Benteng Oranye Tentara Nasional Indonesia atau satuan RPKAD Jawa Tengah menjadikan benteng ini sebagai tempat latihan tempur dan penyerangan amfibi hingga tahun 1965.
Saat ini, pemerintah Cilacap telah mengubah fungsi benteng ini menjadi menara pendidikan bersejarah. Jadi jika ingin tahu lebih banyak tentang Benteng Pendem, pergilah ke tempat wisata ini.
Hal yang paling menarik dari benteng ini adalah konon di bawah benteng ini terdapat terowongan menuju benteng lain dan beberapa gua di pulau Nusakambagan. Artinya, jika ini benar, maka ada terowongan bawah air. ***